Museum Sønderjylland er et statsanerkendt specialmuseum godkendt efter Museumslovens §16. Museet arbejder med naturhistorie, arkæologi, historie, etnologi og kunst. Museet er selvejende og drives af midler fra de sønderjyske kommuner og staten. Museet består af Institut for Sønderjysk Lokalhistorie samt de tidligere statsanerkendte museer: Midtsønderjyllands Museum, Haderslev Museum, Aabenraa Museum, Kunstmuseet Brundlund Slot, Museet på Sønderborg Slot, Tønder Museum og Sønderjyllands Kunstmuseum. Herudover har museet en række mindre afdelinger og udstillingssteder forskellige steder i Sønderjylland:

Cathrinesminde Teglværk, Bymuseet i Haderslev, Skærbæk afdelingen, Drøhses Hus, Slesvigske Vognsamling,  Ehlers Lertøjssamling, Højer Mølle, Udstillingen i Hjemsted Oldtidspark, Oldemorstoft og Jacob Michelsens Gård. Museet har indgået driftsaftaler med Historiecenter Dybbøl Banke, Dybbøl Mølle og Sønderjysk Skolemuseum. Desuden driver museet et konserveringsværksted, et sekretariat og et fælles magasin.