I museets hovedbygning fra 1977 findes på 1.sal to store udstillinger, i stueetagen vises særudstillinger og ude i det fri er der frilandsmuseum.

Sønderjyllands oldtid
fra de første spor af mennesker viste sig i området i
sidste mellemistid for 250.000 år siden til og med vikingetiden.

By og egn i historisk tid
Haderslev og omegn i historisk tid, som omhandler museets lokale område fra middelalderens begyndelse til 1920.

Frilandsmuseum
Lige ved museets P-plads ligger frilandsmuseet, med bindingsværkshuse, bulhuse, smedje og stubmølle, som belyser boligforhold og arbejdsliv i Haderslevs omegn op til 1800-tallet.

Særudstillinger
I museets særudstillingslokale i stueetagen i hovedbygningen på Dalgade vises året rundt skiftende udstillinger.