Højer Mølle blev bygget af Emil Roll i 1857 og er med sine 22 meter en af de højeste hollændermøller i Nordeuropa og er i dag fredet.

Møllens ejere har malet mel og bedrevet kornhandel frem til 1972, hvorefter den forfaldt.

I 1974 dannede en kreds af Højerborgere "Fonden til Højer Mølles bevarelse" og med støtte fra bla. Nationalmuseet, A.P. Møller og hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til Almene Formaal gennemførtes i årene 1975-76 den første gennemgående restaurering, hvorefter møllen samt kornmagasinerne (store og lille "spiker") omdannedes til "Højer Mølle- og Marskmuseum".

I 1992 blev museet en filial af Tønder Museum.

Med den store sønderjyske museumsfusion i 2005 fik museet sit nuværende navn.

2005-2007 gennemførtes den anden store restaurering af Højer Mølle med støtte fra bla. Kulturarvsstyrelsen samt atter A.P. Møller og hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til Almene Formaal.

Højer Mølle knejser derfor forsat over Højer by og Tøndermarsken og med det meste af mølleinventaret bevaret.